吉林鹏程胃肠病医院的前身是吉林省医学会附属（肛肠）医院，成立于1991年7月1日，在我国著名消化道专家徐子鹏领导下，由小到大，由弱到强，发展到今天具有千万元资产的现代化专科医院。
吉林鹏程胃肠病医院建筑面积为4000m2，设有附属性的综合门诊，配套的检查设备，仅胃肠专科设备就达500万元；设高中档病床100张及其配套的监护与手术设备；设有吉林省少有的、标准化的制剂室。2001年，遵照卫生厅指示改制后的胃肠病医院同国立一样的正规化管理，全院无一承包、租赁性科室。所有工作人员都经人事部门调档、存档、晋职、晋级并享有社会养老保险与医疗保险。
吉林鹏程胃肠病医院奉行的宗旨是“全心全意为人民服务”，该院的收支取向是“取之于民用之于民”，我院的口号“不为金钱奋斗而为业务拼搏”。该院经常为贫困患者实行扶贫治疗，每年投资数十万元印刷农业科技书籍用于科技支农。
吉林鹏程胃肠病医院的特色专长是胃病、肠病、肛门病及胃肠道肿瘤，尤其是肠病领域的溃疡性结肠炎，院长徐子鹏研制的徐柳氮系列药，以其独道的疗效，其有效率高达95%以上，临床治愈率高达80%以上。对其重症溃疡性结肠炎和胃肠道肿瘤的外科治疗上也技高一筹，病术后生活质量也明显高于其它非专科医院。